Botticelli a primit comenzi în principal la Florența. Unul dintre cele mai remarcabile tablouri ale sale, „Sfântul Sebastian”, a fost realizat pentru cea mai veche biserică din orașul Santa Maria Maggiore. 20 ianuarie 1474, cu ocazia sărbătorii Sfântului Sebastian Maggiore, pictura a fost așezată solemn pe una dintre coloanele bisericii Santa Maria. Aceasta este prima lucrare religioasă documentată a artistului, de acum încolo stabilită în panorama artei din Florența.
Pictura prezintă un martir al secolului al III-lea. n. e. Sevastian, comandantul pretororilor unei familii nobile, care credea în Hristos. Împăratul Dioclețian l-a condamnat la moarte. Tânărul a fost legat de un post în Coliseu, iar un detașament de legionari a tras asupra lui o mie de săgeți. Sevastyan a fost lăsat să moară. Mama unui creștin executat a ieșit din el, ea l-a îndemnat să fugă din Roma.
Dar Sevastyan și-a declarat deschis credința – pe treptele palatului imperial, a vorbit în apărarea creștinilor condamnați. Dioclețian a ordonat din nou executarea lui Sebastian. Frații cu credință și-au găsit trupul și au fost înmormântați în catacombele de lângă mormintele Sf. Petru și Sf. Pavel.
Sebastian a fost canonizat de Biserica Catolică. În secolul al V-lea, a fost construit un templu pe mormântul său. În trecut, Sfântul Sebastian a fost chemat în ajutorul pacienților cu ciuma, el este considerat patronul soldaților, arcașilor, olarilor.
De obicei, acest sfânt era înfățișat ca un tânăr legat de un stâlp și străpuns de săgeți. Figura Sfântului în tratamentul lui Botticelli este facilitată, proporțiile corpului său frumos sunt alungite. Figura lui Sebastian, poza lui și chiar trunchiul copacului de care este atașat, repetă aproape exact imaginea lui Pollaiolo; dar la Pollayolo Sebastian este înconjurat de soldați, îl împușcă – și el suferă: picioarele îi tremură, spatele este arcuit convulsiv, fața lui este ridicată spre cer.
Figura eroului Botticelli exprimă o indiferență completă față de împrejurimile sale și chiar poziția mâinilor lui legate în spatele spatelui este percepută mai mult ca un gest care exprimă o gândire profundă; aceeași reflecție este scrisă pe fața lui, cu sprâncenele ușor ridicate ca și cum ar fi o surpriză jalnică. Artistul nu îl extirpe pe eroul străpuns de săgeți, ci ca și cum ar fi mâhnit de frumusețea distrusă.