La sfârșitul anilor 1480, imaginile religioase ale unui plan intim și cameră au fost înlocuite în lucrările lui Botticelli cu compoziții la scară largă, ca și cum ar fi adresate unui public mai mare. Dacă în 1484-1489, Botticelli pare să fie mulțumit de el însuși și traversează calm o perioadă de glorie și măiestrie, atunci „Altarul San Marco” mărturisește deja confuzia dintre sentimente, noi griji și speranțe. Forța impactului acestui tablou se datorează în mare măsură interpretării viziunii cerești, saturată de motive religioase și simbolice cu colorare apocaliptică. Ele sunt inspirate de învățăturile lui Savonarola din Florența, care au dus în scurt timp la o lovitură de stat politică care a pus capăt exilului Medici în 1494.
În decizie, acum diferite intonații sună din ce în ce mai mult, este plin de un sunet dramatic ascuțit. Formatul propriu al lucrărilor lui Sandro din această perioadă pe motive religioase este lărgit, ceea ce le conferă o nouă semnificație. Un exemplu tipic al acestui tip de compoziție este Altarul San Marco, una dintre cele mai marcante lucrări ale lui Botticelli.
Breasla Bijutierii Florentine a fost responsabilă pentru întreținerea și decorarea Bisericii Dominicane din San Marco, una dintre capelele bisericii fiind dedicată hramului Sfântul Eligius. Imaginea altarului „Încoronarea Mariei cu Îngerii, Evanghelistul Ioan și Sfinții Augustin, Ieronim și Eligius”, cunoscut sub numele de altar al lui San Marco, pictat de Botticelli în jurul anilor 1488-1492, a fost destinat acestei capele. Faptul că imaginea altarului a fost comandată de bijutieri explică utilizarea unor cantități mari de aur în această lucrare. Fundalul auriu din partea de sus a imaginii delimitează lumile cerești și pământești, cu toate acestea, ele totuși fac contact în spațiul imaginii, o astfel de interpretare a fost neobișnuită pentru lucrările din acea vreme.
Partea centrală a altarului este marcată de trăsături arhaice: figurile îngerilor și ale sfinților variază brusc la scară; nișa fantastică în care este închisă scena încoronării contrastează cu o interpretare mai realistă a mediului spațial al celor patru personaje principale. Înconjurat de îngeri jubilanți, Dumnezeu Tatăl și Fecioara Maria stau pe tronuri cerești, sub picioarele lor – un covor de nori. Botticelli înscrie magistral strălucirea cerească din figurile lor în partea superioară semicirculară a tabloului, care este în concordanță cu arhitectura cu cupolă a capelei.
Patru figuri monumentale ale sfinților sunt situate într-un semicerc din luncă, pe fundalul unui peisaj cu un lac și țărmuri deluroase. Apostolul Ioan, autorul Evangheliei, Epistolelor și Apocalipsei, înfățișat cu o carte deschisă ridicată, acționează ca un mediator între vizionarea și rotirea fantastică a îngerilor în jurul arcului curcubeu al heruvimilor și serafimilor care mărginesc scena Încoronării Mariei. Apariția îngerilor pe un fundal de raze de aur, într-o strălucire amețitoare, printre o ploaie de trandafiri și un peisaj terestru cu rocile sale și o pajiște pustie pe care stau sfinții, par să accentueze contrastul dintre realitatea cerească fantasmagorică atractivă și greutățile lumii materiale.
Există multă emoție în chipul îngerilor, gestul jurat al Sfântului Ieronim respiră încredere și demnitate. În același timp, există o oarecare plecare de la „perfecțiunea proporțiilor”. Tensiunile cresc, ceea ce, întâmplător, se referă exclusiv la lumea interioară a personajelor și, prin urmare, nu fără măreție, claritatea culorii crește, devenind din ce în ce mai independentă de claroscur.