Sub regele Ferdinand de Aragon, influența Inchiziției s-a intensificat. În aprilie 1484, la Tarason, cortesele Regatului Aragonei, într-un consiliu secret format din persoane chemate de rege, au fost numiți în funcția de inchizitor șef al Regatului Castilei lui Thomas Torquemade. Thomas Torquemada i-a numit pe inchizitorii diecezei din Zaragoza, fratele Gaspar Huglar, călugăr dominican, și dr. Pedro Arbuez d’Epilou, canon al Mitropoliei.
Decretul regal a ordonat autorităților provinciale să îi asiste. În lunile mai și iunie, noii inchizitori au efectuat mai multe autodafe publice și solemne și au predat instanței seculare pe nefericiții acuzați, care au fost arse. Aceste execuții i-au enervat din ce în ce mai mult pe noii creștini ai regatului Aragon, care se așteptau să vadă curând reluarea dintre ele a scenelor care au loc în Castilia, unde tribunalul, înființat în urmă cu doar trei ani, ucisese deja mii de victime sub controlul călugărilor și preoților fanatici.
Aragonezii au văzut că toate eforturile lor de a împiedica înființarea Inchiziției între ei erau zadarnice și au decis să jertfeze unul sau doi inchizitori pentru a-i intimida pe ceilalți. Erau convinși că, după acest eveniment, nu va mai exista nicio îndoială cu privire la starea de spirit populară, că nimeni nu va îndrăzni să devină inchizitor, iar regele însuși își va abandona intenția inițială de teama mișcărilor rebele care ar putea erupa în Castilia și în Aragon. „Când proiectul de asasinat al conspiratorilor a fost aprobat, au început să caute ucigași pentru a scăpa de dr. Pedro Arbuez d’Epila, principalul inchizitor al Zaragoza. Tentativele lor de asasinat au eșuat de mai multe ori. Pedro Arbuez, informat despre această intenție, a luat măsuri de precauție pentru a fi mai puțin riscant.
Pentru a se proteja de loviturile ucigașilor, inchizitorul purta poștă în lanț sub haine și ceva de genul unei căști de fier acoperite cu o șapcă rotundă. În momentul uciderii în biserica mitropolitană, era îngenuncheat de una din coloanele bisericii, unde acum există un felinar pentru apostol; lanterna lui stătea lângă el și un băț gros era sprijinit de coloană. Pe 15 septembrie 1485, după ora unsprezece seara, în timp ce canonul din altarul bisericii recita rugăciuni de dimineață, Juan d’Esperaindeo, înarmat cu o sabie, s-a apropiat de el, l-a lovit tare cu o lamă pe mâna stângă. Vidal d’Uranso, avertizat de Juan d’Abadia că trebuie să fie bătut în gât, l-a lovit din spate, sfâșind armura capului pe loc și i-a făcut o rană atât de adâncă pe cap, încât Inchizitorul a murit de la ea două zile mai târziu, adică 17 septembrie.
Calculul politic l-a inspirat, ca pe Isabella, să onoreze memoria lui Arbuez cu un fel de solemnitate, care a contribuit foarte mult la trecerea lui ca sfânt și la înconjurul său cu un cult special în biserici. Acest lucru s-a întâmplat mult mai târziu, când Papa Alexandru al VII-lea la 17 august 1664 l-a clasat pe Arbues drept unul binecuvântat, ca martir al credinței. Și la timp i-a fost ridicat un mormânt magnific, iar trupul său a fost așezat pe el la 8 decembrie 1487. „