Frescele care împodobesc biserica San Francesco din Assisi reprezintă o altă problemă acută a „jiotto-ului”. Construcția acestei biserici a început în 1228, imediat după canonizarea Sfântului Francisc, care a murit în 1226. Între 1260 și 1320 au apărut în biserică fresce create de artiști de seamă ai vremii.
Cu toate acestea, autorul niciunuia dintre ei nu a fost documentat. Unele surse din secolele XIV-XV menționează că Giotto a lucrat în Assisi. Găsim încă un alt indiciu al acestui fapt în Biografiile lui D. Vasari. Așadar, el scrie că Giotto a pictat o serie de fresce ilustre în Biserica Superioară din San Francesco.
Două fresce din această serie sunt prezentate aici – Stigmatizarea Sfântului Francisc și Descoperirea Miraculoasă a Sursei. Vasari notează, de asemenea, că Giotto a ajuns în Assisi la invitația lui Giovanni da Murovrilla, care a condus orașul din 1296 până în 1304. Astfel, este stabilită datarea acestor lucrări. Până la sfârșitul secolului XIX, aceste informații erau considerate absolut de încredere. Apoi au apărut întrebările.
În special: sunt pictate toate picturile murale cu aceeași mână? Unii savanți au susținut că seria de fresce a fost concepută doar de Giotto, dar necunoscută pentru noi nu era ideea lui. Alți istorici de artă neagă, în general, implicarea lui Giotto în crearea acestor fresce, citând părerea lor că frescele din Assisi sunt foarte diferite din punct de vedere stilistic față de frescele pictate de Giotto pentru capela del Arena din Padova, și găsirea lucrărilor Assisi ușoare și imperfecte. Disputele continuă până în zilele noastre.